石林县位于滇东喀斯特南部，往西为滇中红色高原，往东、往南过盘江进入滇东南峰丛洼地喀斯特区。高原起伏和缓，切割轻微，海拔多在1700米至1950米之间，个别山脉、山峰海拔超过2200米。境内地势东北高西南低，东高西低。山脉有圭山山脉、九蟠山、打羊山脉、大佛山。地貌类型主要有高原丘陵、低山、洼地、盆地、石丘、石林、石芽原野、峰丛和溶洞、湖泊、河谷。按山地、丘陵和坝区（盆地和洼地）、河谷等。石林、石芽主要出露在盆地、洼地、河谷附近和高原面上。　　石林县属低纬高原山地季风气候，四季如春，雨量充沛，气候湿润，无霜期长、云雾多、日照少。年平均气温16.3℃，年平均降雨量939.5毫米，年平均日照2096.8小时，年平均风速2.1米/秒。